Kierując się herbowymi barwami, Rada Miejska Inowrocławia ustanowiła w 1995 roku oficjalną flagę miasta. Flaga ma postać płata składającego się z trzech poziomych, równoległych pasów: (od góry) złotego, czerwonego i białego o jednakowej szerokości każdy, wyrażającej się stosunkiem 1,67/5 : 1,67/5 : 1,67/5. Stosunek szerokości do długości płata wynosi 5 : 8.
Zasady i warunki używania insygniów określone zostały w uchwale Rady Miejskiej Inowrocławia Nr XLIII/509/2018 z dnia 27 sierpnia 2018 w sprawie zasad i warunków używania insygniów Miasta Inowrocławia.