W 2006 roku uznanie i pozytywną ocenę kapituły Narodowego Konkursu Ekologicznego zyskał przygotowany przez Miasto projekt pn. „Realizacja Gminnego Planu Gospodarki Odpadami Komunalnymi dla Miasta Inowrocławia ze szczególnym uwzględnieniem segregacji odpadów u źródła ich powstawania”.
W nagrodę za realizację tego przedsięwzięcia Miastu Inowrocław przyznany został tytuł „Gmina Przyjazna Środowisku”, kryształowa kula oraz certyfikat. Satysfakcji z przyznanego lauru nie krył Prezydent Inowrocławia Ryszard Brejza. – Uhonorowanie, i to po raz drugi, tą nagrodą stanowi dla nas bardzo ważny element, nie tylko poparcia i docenienia naszych działań w dziedzinie ochrony środowiska, ale także promocji naszego miasta. - powiedział Prezydent. W gronie miast wyróżnionych w tym konkursie z terenu naszego województwa jako jedyna znalazła się Brodnica.
Zbiórką odpadów komunalnych zmieszanych w Inowrocławiu jest blisko 100 % gospodarstw domowych. Ponadto na terenie miasta prowadzona jest też selektywna zbiórka odpadów opakowaniowych w systemie odbioru bezpośredniego w oparciu o plastikowe worki (zabudowa jednorodzinna) oraz w systemie donoszenia opartego na pojemnikach wielkopojemnościowych (zabudowa wielorodzinna). Zbiórką tą objętych jest ok. 60 % mieszkańców. Zbierane są szkło, tworzywa sztuczne, papier i tektura.
Wywozem odpadów komunalnych zajmuje się 6 przedsiębiorców, posiadających stosowne zezwolenia. Na terenie miasta istnieje jedna instalacja do odzysku odpadów - kompostownia odpadów ulegających biodegradacji oraz jedna instalacja do unieszkodliwiania odpadów - składowisko odpadów innych niż niebezpieczne i obojętne. Odzysk odpadów opakowaniowych prowadzony jest w sposób ręczny na składowisku odpadów.